Sito dedicato all'arte organaria, alla teoria dell'accordatura e alla musica antica in trascrizione moderna
Interventi ben più impegnativi che la manutenzione ordinaria o anche straordinaria sono quelli di restauro: uno strumento che abbia perso l'efficienza e presenti uno stato di conservazione deteriorato, deve essere interamente smontato. Tale delicata operazione è indispensabile per lo studio accurato di ogni componente, il suo ripristino o ricostruzione.
In concomitanza con lo smontaggio dell'organo è consigliabile provvedere anche al restauro della cassa. Non solamente l'aspetto esteriore del mobile, la sua decorazione pittorica, ma anche le strutture portanti della cantoria dovrebbero rientrare fra gli obiettivi del recupero.
Talvolta, per varie ragioni, è necessario ricostruire intere sezioni di uno strumento: la cassa, il corpo fonico, la manticeria, per esempio, possono essere compromesse in modo irrecuperabile, o mancare del tutto.
La stratificazione di interventi e rifacimenti nel corso dei secoli è spesso considerata positivamente, o accettata come fenomeno che caratterizza gli strumenti antichi. In certi casi si decide la conservazione di tutti o solo di alcuni livelli, in altri casi invece si valuta necessaria la rimozione completa dei manufatti spuri e la ricostruzione di uno stato ritenuto più vicino all'originale.
Per gli strumenti non sottoposti a vincoli di tutela, si potrebbe anche porre il problema di una riforma per adeguarli a nuove esigenze musicali. In tal caso sarebbe bene procedere solo dopo una stima oggettiva della qualità e affidabilità dello strumento da modificare, dei materiali e del loro stato, e certamente anche dell'estetica fonica.
L'AIO, Associazione Italiana Organari ha emanato una carta del restauro, cui tutti gli operatori del settore sono invitati ad aderire, contenente principi e direttive per una restituzione corretta e scientificamente aggiornata.